草的注释

草的注释篇一
《赋得古原草送别的注释以及诗意。》

赋得古原草送别

[唐] 白居易

离离原上草， 一岁一枯荣。

春风吹又生。

远芳侵古道，

晴翠接荒城。

又送王孙去，

萋萋满别情。

注释： [离离]形容青草繁茂的样子。

[侵]蔓延。[睛翠]阳光下翠绿的青草。

[王孙]本指贵族子弟，泛指行人。[萋萋]草盛的样子。

诗意： 草原上茂盛的野草，一年一度由枯萎而繁茂。野火无法烧尽，春风吹来，又会生长起来。远处的芳草蔓延到古道，阳光照耀下的翠绿草色连着荒凉的古城。目送远行的人离

去，茂密的野草似乎都饱含着惜别的深情。

草的注释篇二
《草诀歌注解》

草诀歌注解

草圣最为难，说的是写草书难，要写好草书更难。

龙蛇竞笔端，是讲草书的形态，草书在书法艺术中以最具韵味的抽象形式，表现了最生动的意象和境界。草书犹如龙跳天门，虎卧凤阙、惊蛇入草……所有这些都在草书人的笔端强劲地表现出来。

亳厘虽欲辨，说的是写草书要有法度，即所谓“差之毫厘，失之千里”，一点之差就是二个不同的草字，笔画的长短也可以改变一个草字，但这些都有它的判别方法。

体势更须完，草书写得好坏在于其体势，体势要圆满，也就是我们常说的气势，气势不好就是笔法再好也不是好作品。 有点方为水：上面有点，下面竖右挑，才是三点水旁； 空挑却是言：竖画右挑，却是言字旁。

绵头无左畔：宝盖头音绵，写宝盖头时，不必写左边那一点； 辵遶阙东边：辵读音绰，遶同绕，写走之底时，只要在左边竖下右绕即可；

长短分知去：知和去两个字很相似，但其区别在于最后横画的长短，长的是知，短的是去；

微茫视每安：每和安两个字相类似，要注意两个字区别的地方。 六手宜为禀：这一句说的是“禀”字的写法：上写六，连笔下写手；

七红即是袁：这一句说的是“袁”字的写法：上写七，连笔下写红； 十朱知奉己：这一句说的是“奉”字的写法：上写十，下写朱，十的第二笔和朱的第一笔共用；

三口代言宣：这一句说的是“言”字的写法：上写三，下连笔写口。 左阜贝丁反:这一句说的是左耳旁和背字旁的写法:只要把丁字反写即成;

右刀寸点弯:这一句说的是右边刀旁和寸字旁的写法:上为一点,下为横折钩;

曾差头不异:“曾”和“差”字的共同点,即上半部的写法相同; 归浸体同观:“归”和“浸”两个字右半部写法相同;

孤殆通相似:“孤”和“殆”两个字很相似,左旁写法相同右旁一点之差;

矛柔总一般:“矛”和“柔”两字只一点之差;

乡卿随口得:“乡”和“卿”两字随“口”而得;

爱凿与奎联:爱凿奎三字相联系以区别异同;

詹候熙照识:写“侯”字不比“詹”字简单，只是一笔成而已；“熙”和“照”两个字,好好看看,有何不同?不同在上部左边

绳腊达连看:绳腊左傍写法不同;“达”和“连”字中部写法不同.

称摄将属倚：“称”、“摄”两字，尽管右边相同，左旁还是有差别； 某枣借来旋：“某”和“枣”字借“来”字转变而成；

慰赋真难别：“慰”和“赋”这两个字写法几乎一样，但细看还是有差别的；

朔邦岂易参：“朔”和“邦”字简直是一样写法，能参得透吗？ 常收无用直：“常”字的末笔不必用竖画，只要用点就行了；

密上不须宀：“密”字不需要写宝盖头“宀”；

才畔详牋牒：“牋”和“牒”字的“片”字旁可用提手旁“扌”；

水元看永泉：写“永”和“泉”字，“水”字是根本，两个字都含有“水”字，只是字头不一样而已；

柬同东且异：很显然，一眼就可以看出“柬”和“东”字的差别所在； 府象辱还偏：“府”字虽象“辱”字，但还是有所不同，有所偏差。 禾乎手年似:“禾”、“乎”、“手”字和“年”字都有相似处,只有第一二笔相同,后几笔不同；

廊廟与绿缘：“廊”内的右耳旁与“庙”内的“月”旁写法相类,注意“月”左边的差异；“绿”字和“缘”字左偏旁相同,右旁稍有差异；

即脚犹如恐：“即”和“恐”字头一样,脚不同,“即”脚为点,“恐”脚为“一”； 医初尚类坚：“医”和“坚”属倒“品”型结构,上部右旁简单而统一,左旁很少统一写法；

全皇同自异：“全”和“皇”基本相同,只有微小差异；

容客更纷然：“容”和“客”基本相同,要注意其不同之处； 颡向戈牛始:“颡”字左旁的写法,先写“戈”往下写“牛”；

鸡须下子先：写“鸡”字,先写“下”,下写“子”；

撇之非是乏：一撇下加“之”不是“乏”字！多了一点；

勾木可成村：“村”字的写法：“木”加钩；

萧鼠头先辨：“萧”和“鼠”是易混字,其头不同；

寅賔腹裏推：“寅”和“賔”也是易混字,其差别在中部.

之加心上恶:先写“之”字,下加“心”即为“恶”字；

兆戴免头龟:上半部为“免”字的上半身,下写“兆”字的下半身即为“龟”字；

尉与财须见:“尉”和“财”须看到其微小差异；

乌同鸟更疑:“乌”和“鸟”更须注意其差别；

寿宜圭与可:“寿”字的一种写法:上写“圭”字,连笔写“可”字的下半部；

齿记止加司:“齿”字的写法:上为“止”,下为“司”。

右邑月何异:右耳旁的写法和“月”的写法差不多；

左方才亦为:左“方”旁可用“才”写,但注意:有的字则不可,如“施”字,如用“扌”写则成“拖”字!

舉身為已未:“举”字可写成“乙”下加“未”,但写“未”时不出头； 登體用北之:“登”字的上部是“北”,下部是“之”；

路左言如借:“路”字的“足”旁可写成“言”旁；

時邊寸莫違:“時”字的右旁可写成“寸”字。

草的注释篇三
《决议草案结构注解》

决议草案结构注解

决议草案1.1 委员会：

议题：

确认必须保障无核武器国家的独立、领土完整和主权不受使用或威胁使用武力，包括使用或威胁使用核武器的危害，

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认为在全球实现核裁军之前，国际社会必须制定有效措施和安排，以确保任何方面不使用或威胁使用核武器危害无核武器国家的安全，

铭记大会第十届特别会议，即专门讨论裁军问题的第一届特别会议的《最后文件》1 第59 段，其中敦促核武器国家根据情况致力于缔结有效的安排，以保证不对无核武器国家使用或威胁使用核武器，并希望促进执行《最后文件》的有关规定，

2 提交大会第十二届特别会议、即专门讨论裁军问题的第二届特别会议的特别报告3 和裁军谈判会议提交大会第十五届特别会议、即专门讨论裁军问题的第三届特别会议的特别报告4 以及裁军谈判会议1992 年届会的报告5 的有关部分，又回顾载于1980 年12 月3 日第35/46 号决议附件内的《宣布1980 年代为第二个裁军十年宣言》第12 段，其中特别指出，裁军谈判委员会应竭尽全力， 紧急进行谈判，以求就保证不对无核武器国家使用或威胁使用核武器的有效国际安排达成协议，

注意到裁军谈判会议及其保证不对无核武器国家使用或威胁使用核武器的有效国际安排特设委员会为了就这项问题达成协议而进行的深入谈判，

又注意到2003 年2 月20 日至25 日在吉隆坡举行的第十三次不结盟国家国家元首和政府首脑会议的有关决定7 以及伊斯兰会议组织的有关建议，

回顾其历年通过的有关决议，特别是1990年12月4 日第45/54 号、1991年12月6日第46/32号、1992年12月9日第47/50号、1993年12月16日第48/73号、1994 年12月15日第49/73号、1995年12月12 日第50/68 号、1996 年12 月10 日第51/43 号、1997 年12 月9 日第52/36 号、1998年12 月4 日第53/75 号、1999 年12 月1日第54/52 号、2000 年11 月20 日第55/31 号、2001 年11 月29日第56/22号、2002年11月22日第57/56号和2003年

1. 重申迫切需要早日就保证不对无核武器国家使用或威胁使用核武器的有效国际安排达

成协议；

2. 满意地注意到裁军谈判会议中原则上没有人反对缔结一项国际公约以保证不对无核武

器国家使用或威胁使用核武器的设想，尽管也有人指出在研拟各方可以接受的共同办法方面存在着困难；

3. 呼吁所有国家，特别是核武器国家，就共同办法，特别是可载入具有法律约束力的国际

文书的共同方案，积极努力争取及早达成协议；

4. 建议进一步加紧努力，寻求这种共同办法或共同方案，并建议进一步探讨各种不同的备

选办法，包括特别是在裁军谈判会议上审议的那些办法，以克服各种困难；

5. 又建议裁军谈判会议继续积极加紧谈判，以求早日达成协议并缔结关于保证不对无核武

器国家使用或威胁使用核武器的有效国际安排，同时考虑到对缔结一项国际公约的广泛支持和为达成这项目标所提出的任何其他提案；

6. 决定将题为“缔结关于保证不对无核武器国家使用或威胁使用核武器的有效国际安排”

的项目列入大会第六十届会议临时议程。

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草的注释篇四
《真核基因组注释流程》

真核基因组注释入门指南

doi:10.1038/nrg3174

Mark Yandell 和 Daniel Ence

Department of Human Genetics, Eccles Institute of Human Genetics, School of Medicine, University of

Utah, Salt Lake City, Utah 84112-5330, USA.

Correspondence to M.Y. e-mail:

摘要：基因组测序价格的下降给考虑进行基因组测定和注释的研究团体带来了显著的影响。基因组注释项目普遍变成由单个实验室实施的小规模事件。尽管注释一个真核基因组已经可由非专业人士完成，但仍较难。本文综述了基因组注释的概貌、相关软体并描述了一些最适用的方法。

引言：测序费用下降如此快以致单个实验室也能支付人类基因组的测定。 尽管测序变得容易了，许多因素却使基因组注释却变得更难：

首先，第二代测序平台的更短的原始读长意味着现在基因组组装很少获得接近果蝇和人类基因组那样用经典shotgun组装的结果。

第二，许多近来测定的基因组具有的独特性也带来了挑战，尤其是对基因的发掘。不同于第一代基因组项目依赖于大量已知的基因模型，今天的基因组常常缺乏前期研究。这导致难于训练、优化和设定基因预测等注释工具的参数。

第三个新挑战来自对升级和融合注释数据的需求。RNA水平数据(RNA-seq)为升级陈旧的注释数据集提供了显而易见的途径。而且，这一工作十分重要。然而，也不能直接保证可以改进原始的注释结果。另外，今天常常有多个团队用不同的注释过程去注释同一个基因组，众多信息整合获得一致注释是一个相对复杂的任务。

最后一点，基因组注释项目的团队大小发生了变化。不像以往，今天的基因组注释项目常是更小规模团队完成，相关研究者常缺乏生物信息学和计算生物学的专业知识。真核基因组注释不是一个简单的过程，需要一些基本的UNIX技能。但利用现在的工具软体，自己动手进行基因组项目注释十分可行。本文综述了基因组注释的概貌、相关工具并描述了一些最适用的方法。

概述：组装和注释

组装

成功注释任何基因组的第一步是决定组装是否已经达到要求。许多总结性统计用来描述基因组组装的完整性和连续性。最重要的是N50 。其他的统计参数有scaffold的平均gap大小和数目。大多数现有基因组是“标准的草图”组装，这意味着它们达到了递交至公共数据库的最低标准。然而，“高质量草图”组装是注释的更高目标，至少达到90%的完整性。

尽管没有绝对的标准，但是对注释而言，scaffold N50长度达到基因平均长度是一个合理的目标。原因十分简单：此时，基因中约有50%有望包括在单个scaffold；这些完整的基因与其它片段一同提供下游分析的素材。如图1所示，平均基因长度与基因组大小存在粗略的对应关系。因此，如果基因组大小已知，就可以粗略的获得基因大小从而获得注释所需的最小scaffold N50。CEGMA提供了估算组装的完整性和连续性的另外一种补充方式，该方式依靠所收集的真核单拷贝基因并确定每一个基因存在于单个scaffold中的百分比来检测组装效果。

获得高质量组装草图是大多数基因组项目都可以完成的目标。如果组装不完全或者scaffold的N50长度过短，我们建议补充进行shotgun测序。

注释

尽管基因组注释流程存在细节上的差异，它们的核心都是一致的。一般，基因组水平的基因结构注释分为两个明显的阶段。第一阶段，即计算阶段，表达序列标签（ESTs）、蛋白质等与基因组进行比对，从头预测或者依靠已知的知识进行基因预测。第二阶段，即注释阶段，已有的数据被集成进基因注释。因为这一过程十分复杂且涉及许多工具——组装计算所得（已知知识和证据）并使用数据生成基因组注释——一般意义上称之为注释流程。尽管Ensembl也对non-coding RNAs (ncRNAs)进行注释，现在的流程主要面向蛋白编码基因的注释。

第一步：运算阶段

Step one: the computation phase

识别重复序列（repeats identification ）

专有名词＂重复序列＂稍微容易混淆为两类：低度重复序列和转座子 (LINEs、SINEs)。真核基因组富含重复区，例如人类基因组的47%由重复序列组成可能还是比重较低的。另外，重复的边界常被误判；常常相互镶嵌；常常仅出现片段-----完整的很少。总之，重复使注释变得复杂，且要用不同于基因识别的专用软体对其进行识别和注释。

重复序列保守性差，难于识別；因此准确的定位重复序列常要求事先构建所分析基因组的重复序列库。已有的识别软体有两类：基于同源性的工具和从头预测工具。需要特别注意，从头预测所得重复序列不仅有转座单元，可能还包括高度保守的蛋白编码基因，比如组蛋白和微管蛋白。因此我们必须仔细的对从头预测结果进行后期处理，排除蛋白编码基因。另外，结果中还可能包含一些新的重复家族。重复序列本身就很有研究价值，对其产生和进化的研究正在增多。因此重复序列的注释应该是每个基因组注释项目的一部分。

建好的重复序列库可与RepeatMasker等软体配合，使用BLAST和Crossmatch识别目标基因组内与已知重复序列同源的序列。术语 ‘masking' 简单地表示将被识别为重复的核苷酸转换为N或者小写的 a, t, g 和c --------后者称为 ‘soft masking'。此步示意后续的序列比对和基因预测软体相应区域是重复序列区。基因组未成功进行该处理可能是灾难性的。未被mask的重复序列可能引发大量徒劳无功的BLAST比对，误导基因的注释。更糟糕的后果是许多发生转座的开放阅读框 (ORFs)看来象真的基因，被作为基因的外显子，最终完全拖垮基因注释。因而，好的重复序列masking对于蛋白质编码基因的准确注释十分关键。

证据比对（Evidence alignment）. 隐藏重复序列后，大多流程将已知的蛋白、EST和RNA-Seq数据与全基因组组装结果比对。其他物种的序列也可以引用，但一般局限于相对更保守的蛋白质序列。按规则，TBLASTX可用来自系统发育上相距较远物种的ESTs和RNA-seq数据进行比对，但是因为运算量过大而极少使用。 是蛋白质序列的核心资源库。由于SwissProt局限于高度挖掘的蛋白质，许多使用者可能想使用相关的蛋白质和之前注释的基因组数据进行补充。组合附加蛋白和EST数据集的一个简便方法是通过 NCBI taxonomy browser下载相关物种序列。

EST和蛋白质序列数据集常通过两个相互衔接的过程与基因组进行比对。最频繁使用的是BLAST和BLAT确定percent similarity或percent identity。过滤后余下的数据有时可聚合并识别重叠比对和预测。聚合有两个目标：第一，将分化的计算结果聚合成单个聚类的数据支持同一个基因； 第二，识别并简化多余的证据，例如高度表达基因可能获得成百上千一样的ESTs数据。

术语“修正（polishing）” 常被用于描述比对后的下一阶段。将证据聚类并简化后，将BLAST和BLAT识别出来的高度相似序列与基因组进行再次比对，以便获得外显子边界更为精细的结果。例如，BLAST尽管很快，但没有识别选择性剪接位点的模型，所以序列比对获得外显子-内含子边界仅仅是一个十分粗略的结果。因此，剪接位点识别比对算法

（splice-site-aware alignment algorithms），比如Splign、Spidey、sim4和Exonerate等常用来再次比对那些匹配且高度相似的ESTs、mRNAs、proteins到genomic序列。尽管这些程序运行需要很长的时间，但结果将大大改进选择性剪接和外显子边界的注释信息。

在各种形式的证据中，RNA-seq对于改进基因注释的准确性最有潜力。这类数据提供了丰富的证据优化外显子、剪接位点和选择性剪接外显子的界定。然而，RNA-seq数据量十分大且复杂，难于使用。现在，相关软件发展迅猛。RNA-seq原始序列（reads）的组装处理方式有两个：①重头组装——独立于基因组，使用、 和等软件组装，而后与基因组比对；②RNA-seq数据能直接与基因组进行比对，相关工具软件有TopHat、GSNAP或Scripture，接着再用Cufflinks等将比对序列组装成转录组。

对于如何使用RNA-seq数据最好，至今看法不一，其前景可能很大程度依赖于基因组生物学（比如：基因密度）和基因组组装的连续性和完整性。基因密度是一个重要的方面。如果基因十分密集，则Cufflinks等软件有时会错误地将相邻基因RNA-seq融合到一起。此时，从头组装可以解决这个问题——Trinity正是针对这个问题设计的软件。许多的注释流程融合了RNA-seq数据，例如： PASA使用尺蠖的输出数据；MAKER直接使用Cufflinks输出文件或者是RNA-seq组装前数据。

从头基因预测（Ab initio gene prediction）. 一些软件常被称为从头基因预测软件（ab initio gene predictors）是因为它们基于数学模型而非外部证据（例如：EST和蛋白质序列比对）来识别基因并决定外显子-内含子结构。当基因预测软件在20世纪90年代首次出现时，它们给基因组分析带来了革命性改变，因为它们提供了一种快速简便的组装序列基因识别方式。

然而，这些工具的应用限制来自注释方面。例如，大多数的基因预测软件找到单一最可能编码序列coding sequence (CDS)而不列出不翻译的上下游序列（untranslated regions，UTRs) 或选择性剪接转录本。训练也是一个问题。从头基因预测软件使用物种特异基因组特征——例如密码子频率和内含子-外显子长度分布——区分间隔区域和基因并决定内含-外显子结构。而大多数软件的预设参数文件包含的信息多来自经典的基因组，例如线虫、果蝇、拟南芥、人类和小鼠。因此，如果所分析的基因组与这些模式物种差异很大，参数将

很难保证适合。因而，基因预测软件需要针对性训练，考虑相应的内含子长度、密码子使用偏好和GC含量等。

如果训练足够，基因水平的灵敏度可接近100%。然而，外显-内含子结构的预测准确率仅有大约60–70%。大量已有的的高质量基因模型和近乎完美的基因组组装对于高度准确的基因预测帮助很大。然而，新测定的基因组往往缺乏这些数据。

原则上，即使缺乏参考基因模型，ESTs、 RNA-seq和蛋白质序列与基因组的比对能用于训练基因预测软件。许多常用的基因预测软件能按这一方式训练，但一般要求使用者具备一定的编程能力。MAKER、和 等自训练（self-training）软件提供了不同的方式供选择，但是其算法起始准确率较低。

证据驱动的基因预测（Evidence-driven gene prediction）. 近年来，从头预测和基因注释间的差异日益模糊。许多从头类软件，例如TwinScan、 FGENESH、 Augustus、 Gnomon、GAZE和 SNAP都能使用外部证据改进预测的准确性。例如，利用ESTs确定外显子界限。与从头预测相对，这个过程常被称为证据驱动（evidence-driven） 基因预测，该方式对改进新基因组数据的基因预测质量有巨大潜力，但实际的应用还较难。首先，ESTs、蛋白质序列、RNA-seq data 都必须进行比对；接着，剪接位点必须识别出来；其后，在将数据集成至基因预测软件前对组装证据进行后处理。实际操作时，这需要大量针对性软件，工作量很大，是基因组注释流程需要克服的主要障碍之一。

第二步：注释阶段

Step two: the annotation phase

注释的最终目标是获取从头预测和比对证据预测综合出来的基因注释集。传统上，这是手工完成的。例如，人类基因组注释者们检查每一个基因的背景资料从而决定内含子-外显子结构。尽管手工所得结果质量高，但工作量大。出于资金考虑，小基因组项目更依赖自动注释。

几乎各种注释流程都有自己的自动注释策略，共同的主线都是通过组合基因预测的前后过程，并使用证据改进基因模型的准确性。

自动注释（Automated annotation）.自动注释最简单的形式是针对基因组数据运行一连串不同的基因查找软件，然后使用选择算法（chooser algorithm或combiner）选择某一预测，其内含子-外显子结构最能代表和综合各种预测结果，从而定义相应的预测基因位点。运用这类过程的软件 JIGSAW、 EVidenceModeler (EVM)和 GLEAN (以及后续软件 Evigan) 。通过估计每一个来源的基因证据误差的类型和频率， 进而选择误差最小的组合结果。像从头预测软件，JIGSAW必须针对每一个新测定的基因组做重新的训练，因而要求已知的基因模型资源。从头预测软体不使用这些资源优先进行训练。 EVM容许使用者人工设置期望的证据误差率或者通过训练获得这些。相反，GLEAN和Evigan使用无监督学习法评估链接误差模型。在最近的预测竞赛中，组合各种证据后的类型的软件都优于从头预测的模型， JIGSAW、 EVM 或 Evigan表现相近。

另一个流行的方法是将比对证据反馈给基因预测软件，即证据驱动预测，以改进预测过程的准确性。接着，选择器（chooser）将识别最有代表性的预测结果。通过综合 RNA-seq 和EST数据，这一预测还可以获得进一步的改进。此过程被 PASA、 Gnomon和MAKER所使用。通过提取后处理的与蛋白、EST和RNA-seq比对吻合的基因模型， 已知的证据还能用于确认上述软件选择器算法的选择确认。

那么，你将选择哪种方法？也许，考虑这个问题的最好方法是综合考虑工作量和准确性。即使是非常大的基因组，简单运行单一的从头预测软件只需要耗费中央处理器数小时。相对，如果要跑完MAKER或者PASA流程，则需要耗费数周，但它们的输出结果将提供注释挖掘和下游分析的起点，例如利用RNA-seq数据进行差异表达分析。另一个考虑的因素是对正研究的基因组与已经注释的基因组进行系统进化分析。如果是首次对该该目或者科进行注释，最好使用尽量多的外部证据，尤其是RNA-seq数据来确认基因注释结果。否则，结果质量将很难保证。

注释结果的可视化 Visualizing the annotation data

输出数据：使用全文本格式的重要性 （Output data: the importance of using a fully documented

format）. 基因组注释流程的输出结果将包括每一个注释的转录本和蛋白质序列，它们基本都以FASTA格式列出。尽管FASTA文档很有用，但仅仅为后续分析提供小部分支持。通过基因组浏览器将注释进行可视化，构建基因组数据库都可以获得更多的描述性输出文档。最少，输出文档需要描述内含子-外显子结构、起始-终止密码子、UTRs和选择性转录本。最好这些输出文档进一步包括序列比对和支持每一个基因模型的基因预测结果。

四个常用的注释格式是： GenBank、GFF3 、 GTF 和 EMBL 。使用完整的文档格式十分重要，原因有三点：①可以写软件转换格式的麻烦；②常用格式尤其是 GenBank 和 GFF3使用可控的词汇和术语，保证分析软件可交叉操作；③如果用了不常用的词汇描述基因模型，比较基因组分析将十分困难、难以完成。因此，通用生物模型数据库 Generic Model Organism Database (GMOD) 项目协会采用GFF3格式开发了一系列标准和软件来描述、分析、可视化和发布基因组注释。

通用生物模型数据库(GMOD)项目是一个庞大的组织，提供一大套工具创建、管理和使用基因组注释结果，包括分析、可视化和发布数据。使用者通过GMOD软件可以浏览许多模式物种的基因组注释结果。另外，GMOD可以协助构建在线基因组数据库。关键是GFF3格式编辑的注释和协助证据可以被GMOD软件使用。通过GBROWSE和JBROWSE使用者可以直接查看这些文档，从而制作数据的视窗。另外，使用者还可以使用Apollo基因组浏览器和JBROWSE直接编辑基因模型。Bioperl也提供了一系列数据库软件加载GFF3文档到制作好的Chado数据库框架中。基于此，在线的基因组数据库能够快熟的建立起来。

质量控制

Quality control

不正确的注释结果将毒害使用它们的每一个实验。更糟糕的是，当其他不知情的研究者引用这些不正确的结果辅助注释它们的基因组时，这种错误将从一个物种扩散到另一个物种。基因组注释的标准操作已经在细菌、病毒和真核基因组水平提出，但是质量控制仍然是问题。既使是最好的基因预测软件和基因组注释流程都难以在外显子部分达到80%的准确率。这意味着，大多数基因注释包括至少一个错误注释的外显子。考虑到这一事实，对基因组注释准确率的评估十分重要。

这些年来，以估计基因预测准确性进行的各种挑战赛是一股重要的推动力量。然而，鲜有软件考虑基因组水平的注释。问题的核心在于缺乏已被准确预测的基因组参考系。第一代的基因组项目——拟南芥、线虫、果蝇——都基于几十年的工作基础，基因预测软件和注释流程基础都很牢固。现在大多数基因组项目不具备这种条件。 而且，某一个基因预测软件对某一个基因组表现良好还难以保证在另一个基因组也表现好。缺乏参考基因组注释的情况下，估计注释质量十分困难。实验确认是一个解决方案，但很少有项目进行大规模的验证。

注释质量的评估方法（Approaches for assessing annotation quality）. 获得初略的注释质量指标的简单方法是获得已知domain的编码蛋白的注释百分比。InterProScan和Pfam的MAKER都可进行自动分析。尽管domain的相对数目随物种和基因家族有所差别，编码domain的蛋白整体百分比基本稳定。人类、果蝇、线虫、拟南芥和啤酒酵母等真核基因组的domain含量介于 57% ~75%。未经训练的基因识别软件无法很好识别—— 常仅5%~ 25% 。因此，当真核蛋白组的domain百分比较低，警示注释质量差。

草的注释篇五
《赌经注释》

《 赌 经 》

--草堂居士

原赌章第一

赌者，天性也。何谓天性，曰：趋利避害也。此万民之所蹈，万物之所由，万法之所宗也；万事皆因赌而生，万物皆因无赌而灭；是以天下无事不为赌焉，无事不可博也。

译文：赌或者说赌博是人的天性。什么是人的天性呢，就是向往对自己的有利的，远离对自己有害的。这（种天性）是每个人所遵循的，这（种天性）是万物所生存的原因所在，这（种天性）也是所有法则（制度）制定的原则；世间万事的存在都是因为这种天性，同样世间万物的毁灭也都是因为没有适应或是失去这种天性所造成的；所以天下没有什么事是不可以赌的，也没有什么事情是不可以争取的。

赌者，自然也。何谓自然，曰：顺规也。故善赌者必乘天地之正，任万物之性，生于无极，化为太极，动于阳，止于阴也。

译文：赌是什么呢，赌就是自然。什么是自然呢，就是顺应事物生存的法则。所以一个善赌的人一定是利用天地的“正”，随着万物的“性”，在“无极”中生存，并把这种优势无限放大，（在事情、物）开始兴旺的时候展开自己的行动，（在事情、物）衰败之前自觉停止的。

赌者，相济也。何谓相济，曰：性之兼备也。故善赌者方以立德，圆以处世焉；刚以立身，柔以应变焉；伸以乘机，屈以待时焉；敛以养生，勇以进取焉；进则闻达天下，退则保身无忧也。

译文：赌或者说赌博是一种综合术。什么是综合术呢，就是俱备各种处世的能力与技巧。所以一个善赌的人一定是用自己的个性成就自己的品格，以圆滑的手段与人相处；以刚强做为安身立命的根本，以柔顺以就对世事与世态的变换；充分发挥自己的特长以利用时机，在时机不成熟或对自己不利时，就委曲求全以等待时机；收敛自己的个性以休息养生，能自己万夫不夺之勇去进取；向前就能使自己服务于社会，从而赢得社会的尊敬，往后就能保全自己与家庭的幸福安全。

修德章第二

赌者，养德也。何谓养德，曰：忠、诚、信、孝、礼、仁，正、义、宽、和、勤、俭集于一身也。万民皆以修德为本，存亡兴废而非由此道者古未之有也。故善赌者必有德而身修，身修而家齐天下平也。

译文：赌是什么呢，赌就是一种培养品德的过程，什么是养德呢，就是把忠、诚、信、孝、礼、仁，正、义、宽、和、勤、俭等各种品质集于一身。所以世上所有的人都是以培养自己的品德做为立身的根本，而世间万事、万物的生存、灭亡、兴旺、衰败没有遵循这种法则的从古以来还没有出现过。所以一个善赌的人一定是先培养了良好的品德才能，完善自我，而只有完善了自我才能治家治国。

赌者，修习也。何谓修习，曰：见善则迁，有过则改也。习者，点滴所聚；良习者成事之助，恶习者败事之源；故善赌者必修天下之良习，不争而成天下之大事也。

译文：赌是什么呢，赌就是培养自己良好的个性。怎样培养自己良好的习惯呢呢，就是见到别人好，就向人家学习，自己有什么过错就立即过掉。习惯，往往从小事积累，良好的习惯是成功的得力助手，不好的习惯是事情失败的源头；所以一个善赌的人一定是学习天下（所有）良好的习惯，不用刻意去追求就能成就一番大事业的。

赌者，宏度也。何谓宏度，曰：宽人曰克已也。宽人者不责人小过，不发人阴私，不念他人旧恶焉；克已者宠辱不惊，去留无意焉；故善赌者，常胜败焉，虽九事十败亦笑也。

译文：赌是什么呢，赌就是有大度量。什么是有大度量呢，就是宽以待人严以律已。待人以宽的人不会责备他人小小的过错，不发揭发他人的秘密，也不会时时记得他人过去对自己的仇恨；律已以严的人，不会因为外来的宠辱而惊慌失措，也不会在意自己的去留得失；所以一个善赌的人，把自己人生的成败看得很正常，虽然事业多次失败，便仍然微笑对待。

克已章第三

赌者，赏已也。何谓赏已,曰：识已重已饰已也。赏已者成事之半，人多赏而助之焉。薄已妄已皆疾焉，薄已者人多轻之损之，弗自助者无事可竞焉，妄已者人多畏之远之，然善行之者亦有成焉；故善赌者虽有疾而逊于人者，亦处之泰然焉；不妄不薄,而处世适中也。

译文：赌是什么呢，赌就是欣赏自己。什么是欣赏自己呢，就是认识自己、尊敬自己、美化自己。欣赏自己的人（这种态度已为成功打下了良好的基础，别人也因为（你这种态度）而帮助你。轻视自己与过高估计自己都是一种心理疾病。轻视自己的人，别人也会看不起他，甚至折损他，（这种人）因为自己都不相信自己，所以往往会一事无成；过高估计（狂妄）

的人，别人都害怕他远离他，（这种人）如果能完善自己，也会有成功的时候；所一个善赌博的人，虽然在生理或心理上有缺陷没有人家完美，在与人相处的时候仍然能镇定自若，不自备、不自狂，而是以一种中庸的方式处世。

赌者，守静也。何谓守静，曰：其性如水之沉寂，其心如山之岿然也。静者，赌之根本也；守静者不败，虽未必然，然赌有算法存焉，足以道智，容有是也。故善赌者临事而专心、绝虑；无物、无我；袖领群伦，泰山崩而心不惊也。

译文：赌是什么呢，赌就是恪守一份宁静。什么是恪守宁静呢，就是把自己的性格修练得如水一种沉默无声，波澜不惊，把自己的心态修练得如山一样沉稳。赌是赌的一种根本，能守住心灵的宁静的人是不会失败的，（这）虽然不是必然的结果，但这种成功在法理上是存在的，并且（这种守静）可以说是处世的一种上上智慧，可能也是一种上上的选择。所以一个善赌的人，每当遇到（重大）事情的时候，一定专心，没有其也的考虑，（心中）没有其他的的事情干扰，也不会有患得患失的考虑，（他的）思维是其他人所不能比拟的，就算泰山崩塌在眼前，他也不会心惊。

赌者，用忍也。何谓用忍也，曰：节欲也。欲不可纵，嗜欲所牵，逐物舍己焉。忍者有三，曰坚忍曰隐忍曰弗忍。莫大之利，源於须臾之忍，莫大之祸，起於须臾之弗忍焉，故善赌者必忍忍于心，唾沫自干也。

译文：赌是什么呢，赌就是用忍。什么是用忍呢，就是控制自己的情欲。（一个人）的情欲万万不可放纵，（一个人）如果被自己的欲念所控制，必定会玩物丧志，最后毁灭了自己。忍有三方面的内容：一是坚忍，二是隐忍，三是不忍。最大的利益往往来源于极短时间的忍耐，而最大的祸害也往往来自极短时间的不忍耐，所以一个善赌的人，一定要用心去忍耐，达到别人吐口水在你脸上，你不去拂拭，而是让口水自己干了。

假借章第四

赌者，筹码也。何谓筹码，曰：暴力、权势、名利、财货、姿色„„利于成者也。已之筹码当用之尽矣, 然有不逮者善假焉，可假者有六:曰亲曰友曰故曰借曰期曰诺,善假而用者如虎之添翼龙之得水也。筹码非独居者，众人皆有之；然无成功者，其用之非也。故善赌者必变之化之，使之归刃焉；赌之以其类，应者云焉；赌之以其欲，胜如囊中取物也。

译文：赌是什么呢，赌就是筹码。什么是筹码呢，就是暴力、权力与势力、名誉、利益，财产与货物、女人的美色等等，一句话，所有能使自己成功的东西，都可以做为筹码。每一个人自己的筹码应当使用到极致，如果这样还不能使自己成功，就应该善于使用他人的筹码。他人的筹码，有六种情况下可以用，亲人的，朋友的，故人的，以上三种人的亲人朋友故人的，你的未来使人感觉到未来你可以帮他的，你许诺可以帮人家的，如果能善于使用他人的筹码，就像老虎第长上翅膀与龙得到水一样。筹码并不是一个人所专有的，每个人都有自己

的筹码（只是多少、大少）不同，使用筹码不能使自己成功，（并不是筹码的过错），而是没有使用好筹码。所以一个善于赌的人，一定会让自己手中的筹码变得对自己最为有利，并把它用在刀口上。用人家的立场去博取，成功的遇就是天上的云一样多，用人家所爱好的筹码去博取，就像口袋中取东西一样简单。

赌者，假势也。何谓假势，曰：立木于千仞，漂石于激水之疾也。势者，古人君之所凭焉；赌之成与败，皆由神势，得之者胜，失之者败焉；势之变不过奇正，奇正相生，如循环之无端，不可胜穷也，故善赌者，必量势而赌，有以平，有以正，有以奇，知胜负之变化，赌如清水化泥也。

译文：赌是什么呢，赌就是借助一种态势。什么是态势呢，就是把木头立很高的山上，（那么木头就比山高了）沉重的石头能在水面上奔跑，也是因为借助了飞快的速度。势这个东西是古代帝王所以号命天下功夫唯一秘密。世间万事万物的成功与失败都是是因为一种神势，得势就能成功，失势往往导致失败；势的变化只有奇与正两种，但奇正相生，反复循环不尽，它的形态就多得数不清了。所以一个善赌的人，一定度量自己的势去作为，有的用平势，有的用正势，有的用奇势，总之知道势的变化，赌就如清水溶化泥土一样容易了。

草的注释篇六
《含有“草”字的成语》

含有‚草‛字的成语

拨草寻蛇 八公山上，草木皆兵 兵马未动，粮草先行 不弃草昧 寸草不留

寸草不生 寸草春晖 草草了事 草草收兵 草创未就 春晖寸草 草间求活 草菅人命 长林丰草 草庐三顾 草木皆兵 草木俱朽 草满囹圄 草莽英雄 草木知威 草率从事 草率收兵 草剃禽狝 草头天子 草行露宿 草长莺飞 打草惊蛇 风吹草动 肤皮潦草 浮皮潦草 饭糗茹草 风声鹤唳，草木皆兵 风行草偃 剪草除根 积草屯粮

结草衔环 藉草枕块 疾风知劲草 惊蛇入草 蔓草难除 美人香草 拈花惹草 奇花异草 琪花瑶草 惹草拈花 十步芳草 十步香草 视如草芥 屯粮积草 香草美人 闲花野草 依草附木 野草闲花 一草一木 斩草除根 招风惹草

粘花惹草 〖解释〗惹：招惹；草、花：比喻好。比喻到处留情，多指男女间的挑逗引诱。

油干灯草尽 〖解释〗比喻很快就要死亡。

异草奇花 〖解释〗原意是指希奇少见的花草。也比喻美妙的文章作品等。

如泣草芥 〖解释〗芥：小草。就像仍掉一根小草那

样。形容毫不在意。

轻尘栖弱草 〖解释〗比喻人生无常。

落草为寇 〖解释〗寇：盗贼。旧指逃入山林做强盗。 疾风彰劲草 〖解释〗比喻只有经过严峻的考验，才知道谁真正坚强。同‚疾风知劲草‛。

风驰草靡 〖解释〗比喻强大的势力能制服一切。同‚风行草靡‛。

草蛇灰线 〖解释〗比喻事物留下隐约可寻的线索和迹象。

草芥人命 〖解释〗视人命如草芥而任意摧残。同‚草菅人命‛。

草腹菜肠 〖解释〗比喻毫无才学。亦用为谦词。 一年被蛇咬，三年怕草索 〖解释〗比喻遭过一次挫折以后就变得胆小怕事。同‚一年被蛇咬，十年怕井绳‛。 兵马不动，粮草先行 〖解释〗作战时兵马还没出动，军用粮草的运输要先行一步。后泛指行动前须作好准备工作。

芝草无根 比喻人的成就，没有任何帮助，出于自己的努力。

招花惹草 指挑逗、勾引女子。

沾花惹草 犹言沾风惹草。

沾风惹草 比喻卖弄风流，挑逗、勾引异性。

莺飞草长 南朝梁丘迟《与陈伯之书》：‚暮春三月，江南草长，杂花生树，群莺乱飞。‛后以‚莺飞草长‛形容明媚的春景。

倚草附木 ①比喻依附有能力或权势的人。②谓精灵倚托草木等物而成妖作怪。

瑶草琪葩 见‚瑶草琪花‛。

瑶草琪花 亦作‚瑶草琪葩‛。①仙境里的花草。②珍贵奇异的花草。

瑶草奇花 指仙境中的花草。

削草除根 犹斩草除根。谓从根本上消除祸患。

衔环结草 结草：把草结成绳子，搭救恩人；衔环：嘴里衔着玉环。旧时比喻感恩报德，至死不忘。 闲花野草 见‚闲花野草‛。

魏颗结草 春秋晋魏颗不从父以嬖妾殉葬之命而遣嫁之，后与秦将杜回战于辅氏，‚颗见老人结草以亢杜回，杜回踬而颠，故获之。夜梦之曰：‘余，而所嫁妇人之父也……余是以报。’‛见《左传〃宣公十五年》。后因以‚魏颗结草‛表示受恩深重，竭力报效之意。 铜驼草莽 同‚铜驼荆棘‛。

天造草昧 ①谓天地之始，万物草创于混沌蒙昧之中。②谓草创之时。

探竿影草 探竿、影草、都是渔民使鱼聚集后下网捕捞

之法。佛教禅宗借以喻启发性的随宜施教。

霜行草宿 谓在霜露中行走，草野中息宿。形容奔波劳苦。

杀人如草 形容杀人多，极轻视人命。

三顾草庐 见‚草庐三顾‛。

人非草木 见‚人非木石‛。

惹草沾花 见‚惹草拈花‛。

寝苫枕草 睡草荐，以草把为枕。古时居父母丧的礼节。 墙花路草 见‚墙花路柳‛。

琪花瑶草 琪、瑶：美玉。原为古人想象中仙境的花草。后也形容晶莹美丽的花草。

绿草如茵 绿油油的草好象地上铺的褥子。常指可供临时休憩的草地。亦作‚碧草如茵‛。

枯蓬断草 干枯、断折的蓬草。因易随风飘散，故亦以喻不由自主，行踪难定。

鞫为茂草 谓杂草塞道。形容衰败荒芜的景象。

鞠为茂草 谓杂草塞道。形容衰败荒芜的景象。鞠，通‚鞫‛。

疾风劲草 在猛烈的大风中，只有坚韧的草才不会被吹倒。比喻只有经过严峻的考验，才知道谁真正坚强。 黄冠草履 见‚黄冠草服‛。

黄冠草服 粗劣的衣着。借指平民百姓。有时指草野高

逸。

化若偃草 谓教化推行如风吹草伏。形容教化之易推行。语本《论语〃颜渊》：‚子为政焉用杀，子欲善而民善矣。君子之德风，小人之德草，草上之风必偃。‛ 横草之功 横草：把草踩倒。如同将草踩倒的那样功劳。比喻轻微的功劳。

浮皮潦草 形容不扎实，不仔细。

风烛草露 风中之烛易灭，草上之露易干。比喻人已衰老，临近死亡。明〃杨慎《洞天玄记》四折：‚人生一世，犹如石火电光，寿算百年，恍若风烛草露。‛ 风行草靡 比喻强大的势力能制服一切。

风行草从 见‚风行草偃‛。

丰草长林 ①茂草高林。②指隐逸之地。

风兵草甲 犹言草木皆兵。

打草蛇惊 见‚打草惊蛇‛。

寸草衔结 喻虽然力薄，亦当感恩图报。

承星履草 头戴星光，脚踏草地。形容早出晚归辛勤劳作。

刬草除根 犹斩草除根。比喻除去祸根，以免后患。 草偃风行 见‚风行草偃‛。

草偃风从 见‚风行草偃‛。

草木萧疏 萧疏：冷落，稀稀落落。花草树木都已枯萎

草的注释篇七
《药典注释》

2010年版药典（二部）注释工作会议会议纪要

为了更好的完成2010年版《中国药典》的配套丛书《药典注释》（二部）的编纂工作，国家药典委员会于2009年11月25日在北京召开了专项工作会议，来自药检所和高校的二十多位药典委员参加了会议。会议对已提交的注释（草稿）进行了审核，遴选出4篇注释范文（见附件1），并完善了注释编写细则（见附件2），同时明确了该项工作的整体时间安排。

王平副秘书长首先就本次药典注释的整体性要求及可能存在的问题等进行了讲话。他指出2010年版药典（二部）注释应有区别于起草说明，本书发行主要面向药品检验和标准制订的技术人员，起草者应根据使用者的需求针对性的将有用信息尽可能的罗列出来；对于一些前沿性的信息也应给出，从而对使用者起到指导性作用；同时应该重视制剂方面的信息收集，对于制剂中需要关注的问题也应重点阐述。最后王平副秘书长提出这次注释的内容应能体现新技术、新方法及新形势，并能体现对标准发展的指导性。最后他希望委员保持并倡导科学严谨的态度，实事求是，有特色高水平的完成该项工作。

会议随后对有关委员提供的注释范文，按照化学药、抗生素及生化药首先进行了分组讨论，每组优选出1-2篇范文；随后大会集中对各组选出的范文进行了讨论。会后由供稿人根据会议精神对注释范文进行重新整理，并随本会议纪要下发（见附件1）。同时对2010年版药典（二部）注释编写细则进行了完善，并随本会议纪要一并下发（见附件2）。各起草单位应根据修订后的编写细则及参考范文进行注释

的编写或整改工作，注释的电子稿件请发至：。

由于2010版《中国药典》正文中未明确列出已知杂质的结构式，故会议明确要求应在注释中列出标准正文涉及到的已知杂质的结构式和化学名。会议还对今后国家药品标准正文内容的调整进行了讨论，一致同意在标准正文后面增加“杂质”项，分别列出杂质简称、杂质结构式、分子式、分子量和化学名。

由于90版药典注释对药品检验工作起到了很好的指导作用，故药检系统对10版药典注释的出版寄予了厚望。考虑到各承担单位任务繁重，会议建议注释编写稿件最迟应于2010年6月底报药典会。最后，会议进一步要求各起草单位及编委应高度重视，抓紧时间按期保质保量完成各项任务。

附件1：

范文1

醋酸地塞米松

Dexamethasone Acetate

C24H31FO6 434.50

化学名：16-甲基-11，17,21-三羟基-9-氟孕甾-1，4-二烯-3,20-二酮21-醋酸酯

9-Fluoro-11,17,21-trihydroxy-16-methylpregna-1,4-diene-3,20-dione 21-acetate

英文名：Dexamethasong （INN） Acetate

CAS号：[1177-87-3]；其一水合物CAS号[55812-90-3]

本品为肾上腺皮质激素类药，是甾体皮质激素类药物中作用比较强的药物，

[1]

其抗炎作用比氢化可的松大28～40倍，而钠潴留作用较小。据文献报道，口

服地塞米松1.6mg，约有15%在4小时内由尿中排泄，排泄物50%为葡萄糖醛酸结合型，50%为非结合型。静脉给药剂量0.5mg时，4小时尿中排出16%；剂量1.5mg时，2小时尿中排出64%。半衰期为252分钟。

除中国药典（2010）收载外，BP（2009）、EP（6.0）亦有收载，USP（32）除无水物外，还收载了一水合物，JP（XV）中仅收载地塞米松。

[制法概要]

本品由Arth与Oliveto等于1958年合成[2，3]，国内于1968年开始生产。经过多次工艺调整，目前采用皂素→沃氏→霉菌→脱酯→格氏→环氧→上氟→上碘→置换的工艺路线。国内各家的生产工艺基本一致。

1

H3CH3

H3C

H3CH3O

H3C

HO

薯蓣皂素 化学名：(25R)-螺甾-5-烯-3-羟基 CAS号：[512-04-9]

CHH33HOO

H3

霉菌氧化物 化学名：16,17-环氧-11-羟基-孕甾 -4 -烯-3,20-二酮

CHH33HOOHH3CH3

上氟物 化学名：16-甲基-11，17-双羟基 -9–氟-孕甾-1，4 –二烯-3,20-二酮

2

沃氏氧化物

化学名：16,17-环氧-孕甾-4-烯-3.20-二酮 CAS号：[1097-51-4]

CHH33C

OHH3O

CH3

环氧物

化学名： 16-甲基-9,11-环氧-17

-羟基-孕甾-1，4 –二烯-3,20-二酮

O

I

H3HOOH

I

H3CH3

上碘物

化学名：16-甲基-11，17-双羟基-21-双碘

-9–氟-孕甾-1，4 –二烯-3,20-二酮

H3OOHCH3

CH3

HOH3

醋酸地塞米松

化学名：16-甲基-9-氟-11,17

,21-三羟基-孕甾-1,4-二烯-3,20-二酮-21-醋酸酯 CAS号：[1177-87-3]

[性状] 熔点 中国药典（2005）性状项下规定熔点为223～233℃，熔融时同时分解。本品熔距10℃，经试验，由于熔点较高，传温液硅油在此温度下接近沸点，产生烟雾，不利于熔点观察，且有害实验者健康。因此，中国药典（2010）中删除了熔点项。

比旋度 本品10mg/ml二氧六环溶液的比旋度为＋82°至＋88°，BP2009在相同条件下规定比旋度为+84°～ +90°。

%

吸收系数 本品的乙醇溶液在240nm的波长处有最大吸收，吸收系数（E11cm）

为357。

图1 醋酸地塞米松紫外吸收图谱

[鉴别]（1）本品结构中C17位的-醇酮具有强还原性，与斐林试剂反应生成

3